2026-10-14 https://api.researchdata.se/oai-pmh

oai:researchdata.se:2022-252-1/2 2023-11-16 subject:ssif:10604 subject:ssif:10614 subject:ssif:40401 subject:ssif:106 subject:ssif:404 subject:ssif:1 subject:ssif:4 principal:slug:swedish-university-of-agricultural-sciences

info:eu-repo/semantics/other http://purl.org/dc/dcmitype/Dataset https://doi.org/10.5878/17te-jg54 Dataset of confocal microscopy from plant samples - High-throughput characterization of cortical microtubule arrays response to anisotropic tensile stress Datauppsättning från konfokalmikroskopi av växtprover – ”High throughput”-karakterisering av kortikala mikrotubuli-nätverks svar på mekanisk stress. https://orcid.org/0000-0002-8386-7763 https://orcid.org/0000-0003-3643-3978 Cell Biology Cellbiologi Developmental Biology Utvecklingsbiologi Plant Biotechnology Växtbioteknologi The data set contains Tiff Z-stacks from light-grown hypocotyls and cotyledons of cortical microtubule (CMT) reporter lines either with few or no ablated cells from a time series experiment. This data set was analyzed with a new semi-automated image analysis workflow we have developed to quantify CMTs reorganization in individual cells following an ablation (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). The dataset in the zip file was analyzed using the scripts on GitHub (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). A step by step describes and explains all the scripts of the image analysis procedure. The intermediate data generated by the analysis method can be found on zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.7436075). The documentation file Example_2D_Image.tif gives a visual representation from a typical z-stack. Datamängden innehåller Tiff Z-stackar från transgena ljusodlade hypokotyler och hjärtblad från Arabidopsis thaliana uttryckande kortikala mikrotubuli (CMT)-reporterlinjer antingen med få eller inga dödade celler från ett tidsserieexperiment. Denna datauppsättning analyserades med ett nytt halvautomatiserat arbetsflöde för bildanalys som vi har utvecklat för att kvantifiera CMT-omorganisation i enskilda celler efter en ablation. (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). Datamängden i zip-filen analyserades med hjälp av skripten på GitHub (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). Ett steg för steg beskriver och förklarar alla skript för bildanalysproceduren. De mellanliggande data som genereras av analysmetoden kan hittas på zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.7436075). Dokumentationsfilen Example_2D_Image.tif ger en visuell representation från en typisk z-stack. info:eu-repo/semantics/openAccess https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ Swedish University of Agricultural Sciences Sveriges lantbruksuniversitet 2023-05-10T10:49:17.488981Z eng