2026-10-11 https://api.researchdata.se/oai-pmh

oai:researchdata.se:2025-192/1 2026-06-15 subject:ssif:30102 subject:ssif:30107 subject:ssif:30203 subject:ssif:301 subject:ssif:302 subject:ssif:3 principal:slug:karolinska-institutet

info:eu-repo/semantics/other http://purl.org/dc/dcmitype/Dataset https://doi.org/10.48723/j14a-6r76 Data for: Neoadjuvant palbociclib and endocrine therapy versus chemotherapy in ER+/HER2- breast cancer: a randomized phase II trial Data för: neoadjuvant palbociklib och endokrin behandling jämfört med kemoterapi vid ER+/HER2- bröstcancer: en randomiserad fas II-studie https://orcid.org/0000-0002-4122-9624 https://orcid.org/0000-0003-1921-6525 https://orcid.org/0000-0003-3067-2492 https://orcid.org/0000-0001-8952-9987 Pharmacology and Toxicology Farmakologi och toxikologi Medical Genetics and Genomics Medicinsk genetik och genomik Cancer and Oncology Cancer och onkologi The dataset contains whole-exome sequencing (WES) and RNA sequencing (RNA-Seq) FASTQ files derived from tumor tissue samples collected in the PREDIX Lum B clinical trial (prospective randomized phase II, ClinicalTrials.gov ID: NCT02603679) conducted at three hospitals in Sweden. In total, the dataset includes 166 WES samples and 163 RNA-Seq samples. For WES, matched normal blood samples are also included. Metadata file containing patient anonymized ID, treatment arm, gender, and the corresponding WES and RNA-seq sample anonymized IDs. Files are organized by sequencing type (WES and RNA-Seq), plus a metadata table listing all variables: trial ID, gender, treatment arm, and associated file paths. No specialized software is required to open the FASTQ files or metadata. Downstream analysis requires related bioinformatics tools. The dataset consists of: - 4,974 FASTQ files, compressed as GNU zip files - 3 CSV files - 1 readme file in TXT format The total size of the dataset is approximately 7.6 TB Datasetet innehåller hel-exomsekvensering (WES) och RNA-sekvensering (RNA-Seq) i form av FASTQ-filer från tumörprover inom ramen för PREDIX Lum B-studien, en prospektiv randomiserad fas II-studie (ClinicalTrials.gov ID: NCT02603679) utförd vid tre sjukhus i Sverige. Totalt omfattar datasetet 166 WES-prover och 163 RNA-Seq-prover. För WES ingår även matchade normalprover från blod. Metadatan inkluderar anonymiserat patient-ID, behandlingsarm, kön, och korresponderande WES- och RNA-seq anonymiserade prov-IDn. Filer är organiserade efter sekvenseringstyp (WES och RNA-Seq), samt en metadatafil med variabler: prövnings-ID, kön, behandlingsarm och filvägar. Ingen särskild programvara krävs för åtkomst till FASTQ-filer eller metadata. Vidare analys kräver relaterade bioinformatik-verktyg. Datasetet består av: - 4 974 FASTQ-filer, komprimerade som GNU zip-filer - 3 CSV-filer - 1 readme-fil i TXT-format Datasetets totala storlek är ca 7,6 TB . info:eu-repo/semantics/restrictedAccess SE Karolinska Institutet Karolinska Institutet 2025-10-03T08:22:00.351044Z eng