2026-10-12 https://api.researchdata.se/oai-pmh

oai:researchdata.se:2025-371/1 2026-02-16 subject:ssif:10203 subject:ssif:10605 subject:ssif:10606 subject:ssif:10609 subject:ssif:10610 subject:ssif:10616 subject:ssif:102 subject:ssif:106 subject:ssif:1 principal:slug:karolinska-institutet

info:eu-repo/semantics/other http://purl.org/dc/dcmitype/Dataset https://doi.org/10.48723/bbag-t656 Data from immunocompromised individuals vaccinated with SARS-CoV2 vaccines: antibody titers, B cell receptor repertoire sequencing, and B cell immunophenotyping Data från immunosupprimerade individer vaccinerade med SARS-CoV-2-vacciner: antikroppstitrar, sekvensering av B-cellsreceptorrepertoar och immunfenotypning av B-celler https://orcid.org/0009-0009-5491-6034 https://orcid.org/0000-0002-1145-2534 https://orcid.org/0000-0001-7679-9494 https://ror.org/056d84691 https://ror.org/00m8d6786 https://ror.org/05kb8h459 Specific diseases, disorders and medical conditions Specifika sjukdomar, störningar och medicinska tillstånd General health and well-being Allmän hälsa och välbefinnande Bioinformatics (Computational Biology) Bioinformatik (beräkningsbiologi) Immunology Immunologi Microbiology Mikrobiologi Genetics and Genomics Genetik och genomik Bioinformatics and Computational Biology Bioinformatik och beräkningsbiologi Molecular Biology Molekylärbiologi The dataset contains B cell receptor (BCR) sequencing data. Two types of data are included: Antigen-specific BCR sequences obtained by sorting B cells (CD19+, CD20+, IgG+, IgM-, Spike+) followed by PCR and Sanger sequencing for SARS-CoV-2. Sequences are provided per individual and also as a combined dataset. Bulk BCR repertoire sequencing for IgM and IgG, with one FASTQ file per individual and sample. All sequences are provided as FASTQ or FASTA files. Users will need to realign and re-annotate VDJ segments using their preferred reference database and software. More details on the experimental design and sorting strategy can be found in the published paper: DOI 10.1002/cti2.70077 No direct identifiers are included; sample IDs are pseudonymized. The size of the dataset is approximately 30 GB. Datasetet innehåller B-cellsreceptor (BCR) sekvenseringsdata. Två typer av data ingår: Antigenspecifika BCR-sekvenser framtagna genom sortering av B-celler (CD19+, CD20+, IgG+, IgM-, Spike+) följt av PCR och Sanger-sekvensering för SARS-CoV-2. Sekvenserna tillhandahålls per individ samt som en kombinerad dataset. Bulk BCR-repertoire sekvensering för IgM och IgG, med en FASTQ-fil per individ och prov. Alla sekvenser tillhandahålls som FASTQ- eller FASTA-filer. Användare behöver realignera och reannotera VDJ-segment med sitt val av referensdatabas och programvara. Mer information om experimentell design och sorteringsstrategi finns i den publicerade artikeln: DOI 10.1002/cti2.70077 Inga direkta identifierare ingår; prov-ID är pseudonymiserade. Datasetets storlek är ca 30 GB. info:eu-repo/semantics/restrictedAccess SE Karolinska Institutet Karolinska Institutet 2026-02-16T10:26:05.768668Z eng