2026-10-14 https://api.researchdata.se/oai-pmh

oai:researchdata.se:2025-97/1 2026-06-11 subject:ssif:30203 subject:ssif:30111 subject:ssif:30113 subject:ssif:301 subject:ssif:302 subject:ssif:3 principal:slug:karolinska-institutet

info:eu-repo/semantics/other http://purl.org/dc/dcmitype/Dataset https://doi.org/10.48723/f4v5-m008 Computational pathology annotation enhances the resolution and interpretation of breast cancer spatial transcriptomics data Computational pathology annotation enhances the resolution and interpretation of breast cancer spatial transcriptomics data https://orcid.org/0000-0003-2246-4896 https://orcid.org/0000-0002-4098-3246 https://orcid.org/0000-0002-0972-4633 https://orcid.org/0000-0001-9919-4471 https://orcid.org/0000-0002-5525-4724 https://orcid.org/0000-0001-5090-4161 https://orcid.org/0000-0003-3109-5551 https://orcid.org/0000-0001-5298-7861 https://orcid.org/0000-0003-2195-2978 https://orcid.org/0009-0007-2807-4668 https://orcid.org/0000-0001-5598-0243 https://orcid.org/0009-0008-5893-1373 https://orcid.org/0000-0001-5819-458X https://orcid.org/0000-0002-4552-0240 https://orcid.org/0000-0003-4313-1601 https://orcid.org/0000-0002-3214-9075 https://orcid.org/0000-0002-6500-8527 Cancer and Oncology Cancer och onkologi Medical Life Sciences Medicinska biovetenskaper Medical Bioinformatics and Systems Biology Medicinsk bioinformatik och systembiologi The samples in the dataset are connected to a study focusing on studying breast cancer intratumoral heterogeneity using spatial transcriptomic data and computational pathology. The dataset contains 14 samples from 3 patients (one triple negative breast cancer and two HER2-positive breast cancer). Multiple regions of the tumor were collected for analysis. Each sample is one tumor region from one of the patients. Libraries for spatial transcriptomics were prepared using Visium spatial gene expression kits (10x genomics). Sequencing was performed using the Illumina NovaSeq 6000 platform at the National Genomics Infrastructure, SciLifeLab in Solna, Sweden. The dataset contains 28 fastq files, compressed with GNUzip (gzip), from paired-end RNA sequencing (10X Visium spatial transcriptomics). The meta data is described in SND_metadata.xlsx file. The md5sum.txt file is provided for validation of data integrity. The total size of the dataset is approximately 300 GB. Proverna i datamängden är kopplade till en studie som fokuserar på att studera intratumoral heterogenitet i bröstcancer med användning av rumsliga transkriptomiska data och beräkningspatologi. Datauppsättningen innehåller 14 prover från 3 patienter (en trippelnegativ bröstcancer och två HER2-positiva bröstcancer). Flera regioner av tumören samlades in för analys. Varje prov är en tumörregion från en av patienterna. Bibliotek för rumslig transkriptomik framställdes med användning av Visium rumsliga genuttryckskit (10x genomik). Sekvensering utfördes med hjälp av Illumina NovaSeq 6000-plattformen vid National Genomics Infrastructure, SciLifeLab i Solna, Sverige. Datasetet består av 28 filer i fastq-format, komprimerade med GNUzip (gzip), från paired-end-RNA-sekvensering (10X Visium spatial transcriptomics). Metadata är beskrivna i filen SND_metadata.xlsx. För validering av dataintegritet finns filen md5sum.txt. Datasetets totala storlek är ungefär 300 GB. info:eu-repo/semantics/restrictedAccess SE Karolinska Institutet Karolinska Institutet 2025-09-01T09:42:18.464625Z eng