2026-10-14 https://api.researchdata.se/oai-pmh

oai:researchdata.se:2026-203/1 2026-07-01 subject:ssif:1 subject:ssif:106 subject:ssif:10604 subject:ssif:10609 principal:slug:karolinska-institutet

info:eu-repo/semantics/other http://purl.org/dc/dcmitype/Dataset https://doi.org/10.48723/y92n-w439 Smart-seq3xpress scRNA-seq data from human skin across 4 donors and 4 body sites Smart-seq3xpress scRNA-seq-data från mänsklig hud från 4 donatorer och 4 kroppslokaler https://orcid.org/0000-0002-4200-3600 https://orcid.org/0000-0002-9515-7216 https://orcid.org/0000-0002-6117-2717 0000-0002-4909-5413 Natural Sciences Naturvetenskap Biological Sciences Biologi Cell Biology Cellbiologi Genetics and Genomics Genetik och genomik Smart-seq3xpress scRNA-seq datasets from 4 donors, covering 4 bodysites each. Healthy human skin biopsies were obtained from four adult donors, including two female and two male donors aged 30–45 years. From each donor, biopsies were collected from four anatomical sites: upper back, occipital scalp, plantar skin and inner upper arm. Skin samples were collected using a 4 mm punch biopsy. Next, tissue was dissociated with Miltenyi Whole Skin Dissociation Kit and these isolated cells were sorted (only live cell) into separate wells in 384-well lysis plates (28 or 32 plates per donor) for Smart-Seq3Xpress library preparation and subsequent sequencing. Prepared libraries were sequenced using BGI DNBSEQ-T7 and BGI DNBSEQ-G400 platforms. Sequencing reads were aligned to the human GRCh38 reference genome and processed using zUMIs. The dataset contains 64 sequencing files at a total of 2.5 TB Smart-seq3xpress scRNA-seq-dataset från 4 donatorer, med 4 kroppslokaler per donator. Friska humana hudbiopsier erhölls från fyra vuxna donatorer, inklusive två kvinnliga och två manliga donatorer i åldern 30–45 år. Från varje donator samlades biopsier in från fyra anatomiska lokaler: övre delen av ryggen, occipital hårbotten, plantar hud och insidan av överarmen. Hudproverna samlades in med 4 mm stansbiopsi. Därefter dissocierades vävnaden med Miltenyi Whole Skin Dissociation Kit, och de isolerade cellerna sorterades, endast levande celler, till separata brunnar i 384-brunnars lyseringsplattor, 28 eller 32 plattor per donator, för Smart-Seq3Xpress-bibliotekspreparation och efterföljande sekvensering. De färdigställda biblioteken sekvenserades med BGI DNBSEQ-T7- och BGI DNBSEQ-G400-plattformar. Sekvenseringsläsningarna alignerades mot det humana GRCh38-referensgenomet och processades med zUMIs. Datasetet består av 64 sekvensieringsfiler totalt ca 2.5 TB info:eu-repo/semantics/restrictedAccess SE Europe Northern Europe Karolinska Institutet Karolinska Institutet 2026-07-01T08:07:28.649172Z eng