2026-10-07 https://api.researchdata.se/oai-pmh

oai:researchdata.se:2026-7/1 2026-09-08 subject:ssif:30108 subject:ssif:30112 subject:ssif:301 subject:ssif:3 principal:slug:karolinska-institutet

info:eu-repo/semantics/other http://purl.org/dc/dcmitype/Dataset https://doi.org/10.48723/9bm1-gr40 Data for: ALK R1275Q mutation drives expansion of SCP-like cells during sympathoadrenal commitment and primes neuroblastoma initiation Data för: ALK R1275Q-mutationen driver expansion av SCP-liknande celler under sympatoadrenal engagemang och initierar neuroblastom https://orcid.org/0000-0001-5842-8307 https://orcid.org/0000-0002-0516-9724 Cell and Molecular Biology Cell- och molekylärbiologi Basic Cancer Research Basal cancerforskning Overview This dataset contains raw and processed transcriptomic profiling data generated from a human induced pluripotent stem cell (iPSC)-based model of sympathoadrenal (SA) lineage differentiation. The study investigates the role of the ALK R1275Q mutation in Neuroblastoma initiation. The dataset includes single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and bulk RNA sequencing data derived from healthy control iPSCs and patient-derived iPSCs carrying the germline ALK R1275Q mutation. The dataset consists of approximately 500 files totalling approximately 486 GB Data Generation and Methods Human iPSCs (Control lines: Ctrl7, Ctrl10, Ctrl14; Patient lines: NB1, NB2, NB4) were differentiated into trunk neural crest cells (tNCCs), sympathoadrenal progenitors (SAPs), and mature sympathoadrenal cells (SAMs). Single-Cell RNA Sequencing (scRNA-seq): Platform: 10x Genomics Single Cell 3' v3.1. Sequencing: Performed on MGI DNBSEQ PE100. Samples: Collected at four developmental stages: tNCC, SAP, Day 8 (D8), and Day 12 (D12) from Ctrl10, NB1, NB2, and NB4. Bulk RNA Sequencing: Platform: Illumina PE150 sequencing. Samples: Collected at six developmental stages: tNCC, SAP, Day 6, Day 8, Day 10 and Day 12 from Ctrl7, Ctrl10, Ctrl14, NB1, NB2, and NB4 File Content and Organization The dataset consists of the following file types: Raw Sequencing Data (FASTQ): Unprocessed sequencing reads in .fastq.gz format. For scRNA-seq: Paired-end reads (e.g., R1 containing cell barcodes/UMIs, R2 containing the transcript insert). For Bulk RNA-seq: Paired-end reads (R1/R2). Filenames typically indicate sample ID, library (GE or HTO), lane number, and read direction (e.g., SampleID_GE/HTO_L001_R1_001.fastq.gz). Processed Data: Gene Expression Matrices: Count matrices (e.g., .mtx, .tsv) generated by Cell Ranger (for scRNA-seq) or Salmon (for bulk RNA-seq). Metadata: Tables containing sample information and differentiation time points. Översikt Denna datauppsättning innehåller råa och bearbetade transkriptomiska profileringsdata genererade från en modell av sympatoadrenal (SA) härstamningsdifferentiering baserad på människainducerade pluripotenta stamceller (iPSC). Studien undersöker rollen av ALK R1275Q-mutationen i neuroblastominitiering. Datauppsättningen inkluderar encellig RNA-sekvensering (scRNA-seq) och bulk-RNA-sekvenseringsdata härledda från friska kontroll-iPSC:er och patienthärledda iPSC:er som bär germline-mutationen ALK R1275Q. Datagenerering och metoder Humana iPSC:er (kontrolllinjer: Ctrl7, Ctrl10, Ctrl14; patientlinjer: NB1, NB2, NB4) differentierades till stamceller i neural crest (tNCC), sympatoadrenala progenitorceller (SAP) och mogna sympatoadrenala celler (SAM). Encellig RNA-sekvensering (scRNA-seq): Plattform: 10x Genomics Single Cell 3' v3.1. Sekvensering: Utförd på MGI DNBSEQ PE100. Prover: Insamlade vid fyra utvecklingsstadier: tNCC, SAP, dag 8 (D8) och dag 12 (D12) från Ctrl10, NB1, NB2 och NB4. Bulk-RNA-sekvensering: Plattform: Illumina PE150-sekvensering. Prover: Insamlade vid sex utvecklingsstadier: tNCC, SAP, dag 6, dag 8, dag 10 och dag 12 från Ctrl7, Ctrl10, Ctrl14, NB1, NB2 och NB4 Filinnehåll och organisation Datasetet består av följande filtyper: Råsekvenseringsdata (FASTQ): Obearbetade sekvenseringsläsningar i .fastq.gz-format. För scRNA-seq: Parade ändar (t.ex. R1 som innehåller cellstreckkoder/UMI, R2 som innehåller transkriptinsatsen). För Bulk RNA-sekvensering: Parade ändar (R1/R2). Filnamn anger vanligtvis prov-ID, bibliotek (GE eller HTO), filnummer och läsriktning (t.ex. SampleID_GE/HTO_L001_R1_001.fastq.gz). Bearbetade data: Genuttrycksmatriser: Räknematriser (t.ex. .mtx, .tsv) genererade av Cell Ranger (för scRNA-sekvensering) eller Salmon (för bulk RNA-sekvensering). Metadata: Tabeller som innehåller provinformation och differentieringstidpunkter. info:eu-repo/semantics/restrictedAccess Karolinska Institutet Karolinska Institutet 2026-09-08T13:20:51.327696Z eng